Ecole Doctorale Biologie Santé de Lille : bourses de thèse ouvertes à la mobilité

Ecole Doctorale BIOLOGIE SANTE de Lille
Allocations de Recherche "mobilité" - 2017-2018
sujet de thèse proposé par l'Unité de Recherche :
EA4483 (directeur : LO-GUIDICE JEAN-MARC)

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Du metabarcoding à la gestion de l'environnement : une étude multidisciplinaire des communautés hyper-diverses de champignons
réf. -AUT/2017075
responsable : COURTECUISSE RéGIS
courriel : regis.courtecuisse@univ-lille2.fr
description du projet :
Les communautés fongiques fonctionnelles regroupent des champignons qui partagent une même fonction écologique dans un milieu donné. Ainsi les «communautés prairiales à Hygrocybes» font depuis 20 ans l'objet d'études et de mesures conservatoires dont la protection de prairies d'intérêt patrimonial majeur. Elles sont sensibles aux perturbations liées aux activités humaines (eutrophisation, pollutions…) et sont donc des bioindicateurs très pertinents.

Les récentes études sur ce groupe ouvrent de nouvelles voies de recherches sur les interactions plantes-champignons et vers de nouveaux concepts écologiques. Or les communautés forestières sont nombreuses et diversifiées, et la gestion forestière manque d'indicateurs de gestion précis malgré des enjeux de plus en plus lourds, appelant à la recherche de nouveaux indicateurs fonctionnels complémentaires à la faune et la flore.
Objectifs :
1) Décrire et comparer les communautés prairiales « hyper-diverses » et leurs homologues forestières (barcoding des espèces et metabarcodingl). Les observations sur le terrain sont confrontées aux données moléculaires, apportant une vision globale et précise de la composition de ces communautés.
2) Identifier les facteurs écologiques déterminant l'existence de ces communautés pour comprendre leurs spécificités et prédire leur présence en dehors des périodes de fructification des champignons.
3) Analyser les interactions entre ces communautés et leur environnement : mode de nutrition (analyses de rapport C14/N15), recherche de marqueurs phylogénétiques fongiques dans les tissus végétaux, permettront d'identifier les interactions de ces espèces avec la végétation.

Au final, des communautés fongiques bioindicatrices (état biologique du milieu ou intérêt patrimonial du site) auront pu être définis, et les écologues et gestionnaires disposeront d'un outil intégré de gestion et de conservation des milieux sensibles, tout en éclairant l'énigmatique mode de vie de ces communautés.
téléchargez le projet :
  • EN DETAILS

  • mots-clés : bioindicateurs, communautés fongiques fonctionnelles, endophytes, eutrophisation, indicateurs de gestion, mutualisme, Natura2000, pollutions

    compétences souhaitées : Connaissances en base en systématique des champignons; notions d'écologie (biologie et écologie des populations et des écosystèmes); connaissances opérationnelles en biologie moléculaire (extraction, PCR, séquençage) et en analyses phylogénétiq